少しずつ進行中。
ニフティ調査では国内ブログの４割が迷惑ブログとのこと。そうならないように心がけます。
一昨年の秋、アメリカが台湾にICBMの起爆装置を誤発送していたことが判明。何やってんだか。
さて劣化ウランの続き。
定量PCR（Q-PCR）分析。DNAを堆積物サンプル（〜0.5g）から土壌用FastDNAスピンキット（BIO101）で抽出し、100マイクロリットルの1/10トリスEDTAバッファで溶出した。全てのQ-PCRはマイクロバイアル・インサイト社により行われた。30マイクロリットルのタックマンベースPCR法混合物には、テンプレートDNA、１×タックマンユニバーサルPCRマスターミックス（アプライド・バイオシステムズ社製）、タックマンプローブ（100-500nM）、フォワード・リバースプライマー（300-1500nM）を含む。タックマン法をABIプリズム7300シークエンス探知システム（アプライド・バイオシステムズ社製）により以下の温度プログラムで実施した：50度２分→95度10分→95度15秒・58度１分×50回。以下のバクテリア群が標的となるタックマンプローブおよびフォワード・リバースプライマーの種類は次の通り：ユーバクテリアはTM1389、BACT1369/PROK1492R；デルタプロテオバクテリアはGBC2、361F/685R、ジオバクテラセはGBC2、561F/825R。SYBRグリーンPCR法混合物30マイクロリットルの構成は、テンプレートDNA、１×クローンPfuバッファ（ストラタジーン社製）、0.4mMのMgCl2、0.2mMのデオキシヌクレオシド・トリフォスフェート（ロシュ・アプライド・サイエンス社製）、0.2mMのSYBRグリーン（1:30000溶液、モレキュラー・プローブ社製）、1UのPfu TurboホットスタートDNAポリメラーゼ（ストラタジーン社製）、ジメチルスルフォキシド（0-0.5マイクロリットル）、フォワード・リバースプライマー（500-2500nM）である。SYBRグリーン法はABIプリズム7000シークエンス探知システム（アプライド・バイオシステムズ社製）を使用し、プライマー別に温度設定を変えて実施した。SYBRグリーンPCRは以下の標的を検出するために次のようなプライマーで実施した：メタノゲンはME1F/ME2R、タイプ�機Ε織ぅ廰競瓮船蹈肇蹈佞呂修譴召�9αF/519Rおよび10γF/519R、nirS遺伝子は1260F/1363R、nirK遺伝子はnirK876F/nirK1040R。基準値は陽性対照DNAの連続溶液を使用して得た。シークエンス探知プログラムは3-15サイクルの間にそれぞれのサンプルの背景シグナルを引いて計算した。蛍光閾値は背景シグナルの標準偏差を10回コンピュータで計算し、それぞれのサンプルDNAのもとの濃度は基準値データの閾値サイクルサンプル値と比較して決定した。遺伝子コピー数はDNA１マイクログラムあたり9.13×10の14乗塩基として計算した。
統計学的分析。冗長分析（RDA）は、反応の変化が説明の変化の直線的組み合わせに対して制約されることによる、直線的で、直接の勾配配置法である。RDAにおいて、固有分析は反応および指標の変化相関関係係数を含む製造物基盤からの基準要素を抽出するために実施された。要素は冗長指標を最大化するために制約され、予測要素により説明された予測変化における変化の製造物および予測要素により説明された反応変化における変化の製造物として定義された。RDAにおける正規の固有指数の合計は、予測変化で説明される反応変化における変化の量と等しい。我々のデータセットは、予測変化としての地質化学変化および半の右辺かとしての群落データとともに、RDAに適切に合致している。なぜなら、地質化学および群落のデータはカラムの中で短期間に変化し、直線的な関係により合理的に表現されるからである。反応変化基盤は、以下の群落データを含む：Q-PCRコピー数、PLFA群、PFAレート、DMAs、呼吸性キノンレート、シャノン・ワイナー多様性指数、そしてそれはすべてのエタノール添加および不添加堆積物サンプルのそれぞれのPLFAsの濃度を使用して計算したものである。Q-PCR値、１単位あたりのコピー数／堆積物１グラムは、分析に先立って対数に変換された。予測変化基盤は、以下の地質化学データで構成される：微生物群落の性格付けのための堆積物収集に先立つすべてのエタノール添加および対照カラムにおける平均ウラン、テクネチウム、硫酸塩、硝酸塩濃度。すべてのカラムのデータはすでに保存されたデータトレンドの規模において違いを排除するための分析に先立ち、単位変化およびゼロ平均で標準化された。RDAはCanocoバージョン4.53ソフトウェアで実施した。モンテカルロ置換がRDAの結果のためのP値を得るために行われた（n=3000）。個々のPLFAsはPC-ORDソフトウェアを使用して双方向クラスター分析によっても解析した。